Khudojnazarov hatte 1999 für die Tragikomödie «Luna Papa», bei den Filmfestspielen von Venedig den Silbernen Löwen erhalten. In der surrealistischen, mehrfach preisgekrönten Koproduktion erzählte der in Duschanbe geborene Regisseur vom 17-jährigen Mädchen Mamlakat (Culpan Khamatova), das in einer klaren Mondnacht von einem Unbekannten geschwängert wird.
Um den Täter zu finden, macht sie sich mit ihrem seit seinem Einsatz im Afghanistan-Krieg psychisch kranken Vater und ihrem Bruder (Moritz Bleibtreu) auf eine Suche durch Zentralasien. Für das Filmmärchen erhielt Khudojnazarov 2000 auch den begehrten russischen Nika-Filmpreis für die beste Regie und den besten Film.
Weitere Filme waren etwa «Brüder» (1991) und «Leben einmal anders» (2003). Zuletzt teilte Khudojnazarov seine Zeit zwischen Berlin und Moskau auf. In Berlin ist er nun einer langen Krankheit erlegen.