Morales hatte beim ersten Wahlgang am 6. September 23,99 Prozent der Stimmen errungen, Torres kam auf 19,75 Prozent, wie das Oberste Wahlgericht des zentralamerikanischen Landes am Dienstag in Guatemala-Stadt mitteilte.
Die Ex-Frau des früheren Präsidenten Álvaro Colom stach damit knapp den konservativen Geschäftsmann Manuel Baldizón aus, der 19,38 Prozent und damit nur 17'904 Stimmen weniger als Torres errang. Der Millionär, der lange als Favorit gehandelt worden war, hatte am Montag seine Kandidatur zurückgezogen und von Wahlbetrug gesprochen.
Torres tritt für die sozialdemokratische Partei UNE an. Sie hatte sich 2011 von Colom scheiden lassen, um selbst für das höchste Staatsamt kandidieren zu dürfen. Als Angehörige eines früheren Präsidenten wäre ihr das nicht erlaubt gewesen.
Der Politikneuling Morales ging offiziell für die konservative FCN-Nación ins Rennen, die im Land kaum verwurzelt ist. Er setzte vor allem auf den Verdruss der Wähler über die etablierten Politiker.
Die Wahlen stehen unter dem Eindruck des Rücktritts und der anschliessenden Festnahme des bisherigen Staatschefs Otto Pérez wegen Korruptionsverdachts. Er wurde bereits angeklagt und wartet in Untersuchungshaft auf seinen Prozess.