Gerstners Werk lebt vom Reichtum der Formen und Farben. So färbt er etwa Kreise und Kreisfragmente mit unterschiedlichsten Radien, die er in ein Sechseck presst, schwarz, blau, gelb, grün und rosa ein. Diese «Kopfgeburt», wie der Künstler seine Werke nennt, heisst «Color Fractal 6.06» und beweist, dass geometrisch abstrakte Werke auch sinnliche Ereignisse sein können.
Kunst und Alltag liegen Gerstner gleichermassen am Herzen. Ein Anliegen ist ihm die Demokratisierung der Kunst. So sprach er sich in den 50er Jahren explizit für eine Reproduktion von Kunstwerken zu günstigem Preis aus und beteiligte sich an der von Daniel Spoerri gegründeten ersten Edition von Multiples, der Edition MAT.
Aufgewachsen ist Karl Gerstner in Basel. Hier absolvierte er eine Lehre als Grafiker bei Fritz Bühler. Später hospitierte er als Fotograf an der Kunstgewerbeschule bei Hans Finsler. Als Grafiker und Typograf war Gerstner einer der Protagonisten der einflussreichen Schweizer Grafik der 50er Jahre.
Zusammen mit Markus Kutter und Paul Gredinger gründete er 1961 die legendäre Werbeagentur GGK. Von seinem innovativen Graphik Design zeugen werbegrafische Arbeiten unter anderem für Geigy, Langenscheidt, Ringier und der damaligen Swissair.
Sein Archiv schenkte Karl Gerstner 2006 der Nationalbibliothek in Bern. 2012 wurde er mit dem Grossen Designpreis der Schweiz geehrt.