Die Einleitung des Verfahrens im Zusammenhang mit den Korruptionsvorwürfen hatte die Opposition gefordert. Zunächst solle das Parlament die Angelegenheit prüfen und entscheiden, ob die Immunität des Staatschefs aufgehoben wird, sagte der Vorsitzende Richter, Josué Baquiax, bei einer Pressekonferenz in Guatemala-Stadt.
Amílcar Pop, ein Abgeordneter der von der Friedensnobelpreisträgerin Rigoberta Menchú gegründeten Partei Winaq, hatte beim Obersten Gerichtshof Beschwerde gegen Pérez eingelegt. Sie wirft dem Präsidenten vor, von illegalen Zahlungen gewusst zu haben.
Nach der Gerichtsentscheidung muss das Parlament nun einen Untersuchungsausschuss einsetzen, wie Baquiax sagte. Pérez hatte bislang wiederholt erklärt, dass er bis zum Ende seines Mandats im Januar weiter regieren wolle.
Pérez sieht sich seit Wochen Rücktrittsforderungen ausgesetzt, wiederholt demonstrierten tausende Menschen gegen ihn. Guatemalas Staatsanwaltschaft und die UNO-Kommission für die Reform der Justiz in Guatemala hatten im April ein Korruptionsnetzwerk aufgedeckt, das vom Privatsekretär von Vizepräsidentin Roxana Baldetti geleitet wurde.
Diese versicherte, nichts von den Machenschaften ihres Sekretärs gewusst zu haben, trat am 8. Mai aber zurück. Ende Mai wurde ein Ermittlungsverfahren gegen sie eingeleitet, der Sekretär flüchtete.
Im Zusammenhang mit einem weiteren Korruptionsskandal um einen Vertrag der Sozialbehörde IGSS mit einer Pharmafirma wurden Ende Mai der Chef der Zentralbank und der Leiter der Sozialbehörde festgenommen.
Die beiden sollen das Sozialsystem des armen zentralamerikanischen Landes um umgerechnet über 13 Millionen Franken geprellt haben. Der IGSS-Chef war früher Privatsekretär von Pérez. Der Staatschef hatte ihn 2013 mit der Massgabe zum IGSS-Chef gemacht, in der Behörde Korruption zu bekämpfen.