Damit solle eine Flucht des 64-Jährigen verhindert werden. Wegen schwerer Korruptionsvorwürfe war Pérez in der Nacht auf Donnerstag zurückgetreten. Am Morgen stellte er sich den Behörden.
Die Ermittler werfen Pérez die Bildung einer kriminellen Vereinigung, Bestechlichkeit und Betrug vor. Er soll an der Spitze eines Korruptionsrings gestanden haben, das Importfirmen gegen Schmiergelder Einfuhrzölle in Millionenhöhe erlassen haben soll.
Nach monatelangen Demonstrationen und unter dem Druck eines Haftbefehls wegen Korruption hatte Präsident Pérez seinen Rücktritt eingereicht. Das Parlament nahm den Rücktritt am Donnerstag an.
Seit April hatten tausende Demonstranten allwöchentlich den Rücktritt des Staatschefs gefordert, den Pérez jedoch bis zuletzt ablehnte. In der Korruptionsaffäre sitzt bereits die zurückgetretene Vizepräsidentin Roxana Baldetti in Untersuchungshaft. Am Sonntag wird in Guatemala turnusmässig ein neuer Präsident gewählt.
Nach dem Rücktritt hat Pérez' bisheriger Stellvertreter Alejandro Maldonado die Amtsgeschäfte übernommen. Maldonado legte am Donnerstag vor dem Parlament seinen Amtseid ab. Er soll bis zum Ende der regulären Amtszeit des Präsidenten am 14. Januar an der Spitze des zentralamerikanischen Staates stehen.
Der 79 Jahre alte Jurist Maldonado war bis Mai Mitglied des Verfassungsgerichts, bevor er die Nachfolge der ebenfalls im Zuge der Korruptionsaffäre zurückgetretenen Vizepräsidentin Baldetti antrat.