Mohamud lag bei beiden Durchgängen klar hinter dem früheren Ministerpräsidenten Mohamed Abdullahi Farmajo. Der 55-jährige Farmajo wird nun neuer Staatschef des Bürgerkriegslands.
In der zweiten Wahlrunde hatte Farmajo 184 Stimmen von den 329 Parlamentariern erhalten, der seit 2012 amtierende Präsident Mohamud kam auf 97 Stimmen. Zwar verfehlte Farmajo die vorgeschriebene Zwei-Drittel-Mehrheit; Mohamuds Rückzug eröffnete ihm dann aber den Weg ins Präsidentenamt.
«Die ist der Beginn der Einheit der somalischen Nation, der Beginn des Kampfes gegen die Korruption», sagte Farmajo, nachdem er zum Sieger der Wahl erklärt worden war. Farmajo besitzt neben der somalischen auch die US-Staatsbürgerschaft.
In den Jahren 2010 und 2011 war er acht Monate lang Ministerpräsident. Nach seiner Wahl feierten Anhänger in den Strassen von Mogadischu den neuen Präsidenten.
Die Abstimmung im Parlament fand unter scharfen Sicherheitsvorkehrungen statt. Aus Angst vor Anschlägen der islamistischen Shabaab-Miliz waren die Strassen der Hauptstadt Mogadischu gesperrt und die Bürger waren aufgerufen, zu Hause zu bleiben.
Am Dienstagabend hatte es ausserhalb von Mogadischu Schusswechsel zwischen Shabaab-Kämpfern und Soldaten der Militärmission der Afrikanischen Union (AMISOM) gegeben. Opfer gab es nicht.
Solche Kämpfe sind nicht ungewöhnlich in dem Land am Horn von Afrika, das seit Jahren unter Gewalt und politischem Chaos leidet. Für die Präsidentenwahl kamen die Parlamentarier in einer Halle des von der AMISOM bewachten Flughafens von Mogadischu zusammen. Am Eingang zu dem Gelände mussten sich die Abgeordneten, Journalisten und Wahlbeobachter strengen Sicherheitskontrollen unterziehen.
In Somalia gibt es seit dem Sturz von Machthaber Siad Barre 1991 keine funktionierende Zentralregierung. Eigentlich sollte der Präsident durch die Bevölkerung gewählt werden, wegen der vorherrschenden Unsicherheit wurde das auf das Jahr 2020 verschoben. Das Parlament war im Herbst von 14'000 Delegierten gewählt worden. Insgesamt hatten sich 21 Kandidaten um das höchste Amt beworben.
Noch immer ist die Politik in dem Land am Horn von Afrika stark von Rivalitäten zwischen Clans bestimmt. Der ehemalige Universitätsdekan Mohamud war 2012 erstmals vom Parlament zum Präsidenten gewählt worden.