Der seit 2011 amtierende Issoufou hatte beim ersten Durchgang am 21. Februar mit 48 Prozent der Stimmen knapp die absolute Mehrheit verfehlt. Amadou erhielt rund 18 Prozent. Das Ergebnis der Stichwahl soll in den nächsten Tagen feststehen.
Der 66-jährige Oppositionskandidat und ehemalige Regierungschef Amadou ist seit November 2015 wegen angeblichen Babyhandels inhaftiert. Amadou nennt die Anklage politisch motiviert.
Einen Wahlkampf konnte er wegen seiner Inhaftierung nicht führen. Seit einigen Tagen wird Amadou in Paris im Spital behandelt. Die Opposition kündigte bereits an, das Ergebnis der Wahl nicht anzuerkennen.
Die Wahllokale im Niger öffneten am Sonntagmorgen um 08.00 Uhr (MEZ) und sollten 19.00 Uhr schliessen. Die Wahlkommission hat anschliessend maximal fünf Tage Zeit, um das Ergebnis zu verkünden. Es wird aber damit gerechnet, dass sie sich bereits am Montag oder Dienstag äussert.
Der Niger mit seinen 17 Millionen Einwohnern zählt trotz grosser Uranvorkommen zu den ärmsten Ländern der Welt. Im Norden und Westen des Staates leben Kämpfer mit Verbindungen zum Terrornetzwerk Al-Kaida. Die nigerianische Terrorgruppe Boko-Haram ist im Süden des Landes aktiv.