Müller erhielt gleich im ersten Wahlgang 87 von 146 abgegebenen Stimmen. Die dortige «rot-schwarze» Koalition (SPD-CDU) hat 85 Stimmen im Landesparlament. Damit muss er mindestens zwei Stimmen aus der Opposition erhalten haben.
Unmittelbar nach der Wahl wurde Müller vereidigt. Anschliessend fuhr er ins Rote Rathaus, um seine Regierungsmannschaft zu ernennen - je vier Senatoren von SPD und CDU. Dann sollten die Senatoren im Abgeordnetenhaus vereidigt werden.
Wowereit seinerseits hatte am Morgen als letzte Amtshandlung seine acht Senatoren verabschiedet. Mit seinem Rücktritt endet in Berlin eine Ära. Er war der dienstälteste Länderchef in Deutschland.
Im Juni 2001 wurde er erstmals zum Regierenden Bürgermeister gewählt. Zwei Wahlperioden führte er ein Bündnis mit der Linken. Seit der Abgeordnetenhauswahl im Herbst 2011 wird Berlin von einer Koalition aus SPD und CDU regiert.
Wowereit war 2001 der erste deutsche Spitzenpolitiker, der seine Homosexualität öffentlich machte («Ich bin schwul, und das ist auch gut so»). In seiner Amtszeit gelang es ihm, das internationale Image Berlins als Kultur- und Szene-Metropole noch zu stärken.
Mit einer strengen Sparpolitik wurde in seiner Amtszeit der Haushalt der chronisch überschuldeten Bundeshauptstadt saniert. Am Ende trübte aber der Skandal um den unvollendeten neuen Grossflughafen Wowereits Bilanz.
Wowereit hatte seinen Rückzug am 26. August bekanntgegeben und dazu gesagt, dass die Diskussion in seiner Partei um seine Person der Regierungsarbeit geschadet habe. In einem SPD-Mitgliederentscheid setzte sich Müller dann mit deutlichem Vorsprung gegen den SPD-Landesvorsitzenden Jan Stöss und Fraktionschef Raed Saleh durch.