Pérez habe diese Entscheidung getroffen, um auf die gegen ihn eingeleiteten Massnahmen reagieren zu können, sagte sein Sprecher Jorge Ortega.
Kurz zuvor war gegen Pérez Haftbefehl erlassen worden. Richter Miguel Ángel Gálvez habe dem Antrag auf Haftbefehl zugestimmt, sagte die Sprecherin der Staatsanwaltschaft, Julia Barrera, am Mittwoch (Ortszeit) in Guatemala-Stadt.
Mit dem Rücktritt wolle Pérez «auf individuelle Weise» auf die gegen ihn eingeleiteten Schritte reagieren, sagte sein Sprecher weiter. Zuvor hatte Pérez' Anwalt César Calderón bereits angekündigt, dass sich der Staatschef «stellen» und mit den Ermittlern zusammenarbeiten werde.
Die Staatsanwaltschaft hatte mitgeteilt, dass Pérez seine Amtsvollmachten verliere, sobald Untersuchungshaft angeordnet sei. Das Parlament des mittelamerikanischen Landes hatte am Dienstag die Immunität des konservativen Politikers aufgehoben und damit den Weg für eine Strafverfolgung frei gemacht.
Die 132 anwesenden Abgeordneten stimmten geschlossen für die Aufhebung der Immunität des Staatschefs. Damit wurde die erforderliche Zweidrittel-Mehrheit in dem 158 Mitglieder zählenden Parlament klar erreicht.
Pérez wird von der guatemaltekischen Staatsanwaltschaft und UNO-Ermittlern beschuldigt, einer der führenden Köpfe eines Korruptionsnetzwerks beim Zoll gewesen zu sein. Gegen Schmiergelder sollen Importeuren Zollabgaben in Millionenhöhe erlassen worden sein.
Seit April verlangten Demonstranten bei wöchentlichen Massenprotesten seinen Rücktritt. Pérez beharrte aber darauf, bis zum Ende seines Mandats Mitte Januar im Amt zu bleiben. Bei der am Sonntag bevorstehenden Präsidentschaftswahl durfte Pérez aus verfassungsrechtlichen Gründen ohnehin nicht wieder antreten.