Der unterlegene Kandidat Marc Ravalomanana - auch er ein früherer Präsident - hatte zuvor von "massivem Wahlbetrug" gesprochen. Das Verfassungsgericht hat nun neun Tage Zeit, das Endergebnis zu bestätigen.
Madagaskar liegt vor der Südostküste Afrikas im Indischen Ozean. Beide Kandidaten hatten vor der Stimmabgabe am Mittwoch versprochen, die Armut zu bekämpfen und die Korruption einzudämmen.
Die Amtszeit Ravalomananas von 2002 bis 2009 war von schweren Korruptionsvorwürfen überschattet gewesen. Als es zu Massenprotesten gegen ihn kam, organisierte der damalige Bürgermeister der Hauptstadt Antananarivo, Rajoelina, mit Hilfe des Militärs den Sturz des Präsidenten und trat selbst an die Staatsspitze.
Die internationale Gemeinschaft schnitt Madagaskar wegen des Putsches von Hilfsgeldern ab. Bei der Wahl 2013 durften Ravalomanana und Rajoelina auf internationalen Druck hin beide nicht mehr antreten.
Wahlberechtigt waren rund 10 Millionen Menschen. Zwei Drittel der rund 25 Millionen Einwohner Madagaskars leben der Weltbank zufolge in Armut. Madagaska hat eine Fläche von knapp 600'000 Quadratkilometern. Eines der wichtigsten Exportprodukte ist die Vanille - rund 80 Produzent der Weltproduktion stammen aus dem Inselstaat.