Demnach kommt Hernández auf 42,98 Prozent der Stimmen, wie das Wahlamt am frühen Montagmorgen (Ortszeit) mitteilte. Sein Herausforderer Salvador Nasralla erhielt 41,39 Prozent.
Die Parteien könnten das Wahlergebnis oder Teile der Auszählung noch anfechten, sagte Wahlamtsleiter David Matamoros. Innerhalb von 20 Tagen soll das amtliche Endergebnis festgestellt und ein Sieger ausgerufen werden.
Krawalle und Proteste
Am Wochenende kam es in dem Land zu massiven Protesten, weil die Opposition Wahlfälschung vermutet. Zwei Menschen kamen bei den Krawallen ums Leben. Die Regierung verhängte eine Ausgangssperre.
Nach der Präsidentenwahl am 26. November lag der Oppositionskandidat Nasralla zunächst deutlich vor. Im Laufe der Auszählung schrumpfte sein Vorsprung allerdings immer weiter zusammen bis er schliesslich von Präsident Hernández überholt wurde.
Stimmenauszählung geht weiter
Nach einem Unterbruch der Auszählung der Stimmen am vergangenen Donnerstag war diese am Sonntag wieder aufgenommen worden. Die Regierung hatte am Freitag einen zehn Tage währenden Ausnahmezustand über das zentralamerikanische Land verhängt, um die Proteste der Opposition zu unterbinden.
Honduras zählt zu den ärmsten und gefährlichsten Ländern Lateinamerikas. Hernández war 2013 in einer damals bereits umstrittenen Wahl an die Macht gekommen.