Morales kam nach der Auszählung von über der Hälfte der Wahllokale am Sonntagabend (Ortszeit) auf 26,53 Prozent der Stimmen. Der politische Aussenseiter profitierte vor allem vom Verdruss vieler Wähler über die traditionellen Parteien.
An zweiter Stelle liegt der sehr vermögende Unternehmer Manuel Baldizón mit 18 Prozent. Die ehemalige First Lady Sandra Torres folgt ihm mit 16,94 Prozent der Stimmen dicht auf den Fersen. Da keiner die absolute Mehrheit erreichte, müssen die beiden bestplatzierten Bewerber am 25. Oktober in die Stichwahl.
Überschattet wurden die Wahlen in dem bevölkerungsreichsten und wirtschaftsstärksten Land Mittelamerikas von dem jüngsten Korruptionsskandal. Der in der vergangenen Woche zurückgetretene Präsident Otto Pérez soll an der Spitze eines kriminellen Netzwerks gestanden haben, das im Zollwesen Millionenbeträge unterschlagen haben soll.
Der Ex-Präsident sitzt mittlerweile in Untersuchungshaft. Die hartnäckigen Ermittlungen der Internationalen Kommission gegen Straffreiheit (Cicig) und monatelange Demonstrationen hatten den früheren Staatschef zu Fall gebracht.
Die Guatemalteken hätten gezeigt, dass Veränderung möglich sei, sagte der Leiter der Wahlbeobachtungsmission der Organisation Amerikanischer Staaten (OAS), Juan Pablo Corlazzoli, im guatemaltekischer Fernsehen. Sie könnten damit ein Beispiel für ganz Lateinamerika sein.
Aus einigen Landesteilen berichteten Wahlbeobachter am Sonntag von Unregelmässigkeiten wie Stimmenkauf, Blockaden und Auseinandersetzungen zwischen Sympathisanten verschiedener Parteien. Mehrere Verdächtige seien wegen Verstössen gegen das Wahlgesetz festgenommen worden, sagte Innenministerin Eunice Mendizábal. Insgesamt blieb es allerdings friedlich.
Ausser dem Präsidenten wählten die Guatemalteken 158 Kongressabgeordnete, 338 Bürgermeister und 20 Abgeordnete des Mittelamerikanischen Parlaments, das länderübergreifend für die ganze Region zuständig ist.