Damit wird sich die bislang 49 Jahre lange Herrschaft seiner Familie über das ölreiche westafrikanische Land ins sechste Jahrzehnt hinein verlängern.
Die Opposition sprach angesichts der um einen Tag verzögerten Bekanntgabe der Ergebnisse von Wahlbetrug. Bongo gewann laut Wahlkommission 49,8 Prozent der Stimmen, der Oppositionskandidat Jean Ping kam auf 48,2 Prozent, wie der französische Auslandsradiosender RFI am Mittwoch berichtete.
Um trotz eines so knappen Ausgangs Friede und Stabilität zu bewahren, müssten die detaillierten Ergebnisse aller Wahllokale bekanntgegeben werden, forderten die Wahlbeobachter der Europäischen Union.
Die Wahlbeteiligung hatte bei der Abstimmung vom Samstag laut Wahlkommission bei rund 60 Prozent gelegen. Stimmberechtigt waren rund 630'000 der knapp zwei Millionen Einwohner.
Bongos Wahlsieg sichert dem 57-Jährigen eine zweite siebenjährige Amtszeit. Er übernahm das Amt 2009 von seinem Vater Omar Bongo, der die ehemalige französische Kolonie von 1967 bis zu seinem Tod 2009 regiert hatte.
In der Hauptstadt Libreville lieferten sich am Mittwoch Demonstranten nach Bekanntgabe des knappen Wahlsiegs Auseinandersetzungen mit den Sicherheitskräften. Unter anderem wurde das Parlamentsgebäude in Brand gesetzt.
Tausende Regierungsgegner gingen auf die Strasse, um gegen Bongo zu protestieren. «Ali muss weg!», rief die Menge. Die Sicherheitskräfte setzten Tränengas und Blendgranaten ein.
Ein Grossaufgebot der Armee und der Polizei war im Einsatz, um die Demonstranten vom Büro der Wahlkommission fernzuhalten.
Am Sonntag hatte sich der 73-jährige Oppositionskandidat Jean Ping zum Sieger erklärt. Pings Lager hatte schon vor der Wahl von Betrug gesprochen, weil ein Gericht erlaubt hatte, dass zusätzliche Wählerlisten für Soldaten erstellt wurden. Diese durften auch ausserhalb ihres Stimmbezirks wählen. Die Opposition kritisierte, dass dadurch mehrfache Stimmabgaben möglich gewesen seien.
Trotz reicher Ölvorkommen lebt ein Drittel der Bevölkerung Gabuns in Armut. Wegen des Niedergangs des Erdölsektors wurden tausende Arbeiter entlassen. Sowohl Ping, der unter Omar Bongo mehrmals Minister war, als auch Amtsinhaber Ali Bongo hatten im Wahlkampf einen Neuanfang angekündigt.