Demnach kommt Hernández auf 42,98 Prozent der Stimmen, wie das Wahlamt am frühen Montagmorgen (Ortszeit) mitteilte. Sein Herausforderer Salvador Nasralla erhielt 41,39 Prozent.
Die Parteien könnten das Wahlergebnis oder Teile der Auszählung noch anfechten, sagte Wahlamtsleiter David Matamoros. Innerhalb von 20 Tagen soll das amtliche Endergebnis festgestellt und ein Sieger ausgerufen werden.
Am Donnerstag war die Auszählung unterbrochen worden, am Freitag hatte die Regierung in Tegucigalpa einen zehn Tage währenden Ausnahmezustand über das zentralamerikanische Land verhängt, um die Proteste der Opposition zu unterbinden.
Präsidentenwahl führt zu Krawallen
Am Tag nach der Wahl lag Nasralla noch mit knapp fünf Prozentpunkten in Führung. Danach überholte der Amtsinhaber jedoch nach Angaben der Wahlbehörden seinen Herausforderer und lag nach Auszählung von knapp 95 Prozent der Stimmen mit 42,9 Prozent knapp vor Nasralla, der auf 41,4 Prozent kam.
Die Verschiebung zugunsten des Präsidenten führte zu gewaltsamen Protesten, in deren Verlauf mindestens ein Mensch getötet und zahlreiche weitere verletzt wurden. Die Anhänger Nasrallas werfen Präsident Hernández Wahlbetrug vor.
Honduras zählt zu den ärmsten und gefährlichsten Ländern Lateinamerikas. Hernández war 2013 in einer damals bereits umstrittenen Wahl an die Macht gekommen.
(SDA)