Der Maghreb-Staat Marokko hatte die Vorgängerorganisation der AU, die Organisation für Afrikanische Einheit (OAU), 1984 verlassen. Grund dafür war die Anerkennung der marokkanisch besetzten Westsahara durch die OAU.
Für die Aufnahme Marokkos in die Afrikanische Union sprachen sich nach Angaben des senegalesischen Präsidenten Macky Sall 39 von 54 AU-Mitgliedsstaaten aus. Es gab allerdings auch erheblichen Widerstand. Zwölf Staaten forderten ein juristisches Gutachten, ob ein Staat in die AU aufgenommen werden könne, der «Teile des Gebiets eines Mitgliedsstaats besetzt» hält.
«Die Frage der Westsahara bleibt bestehen», sagte Sall. Marokko besetzte in den 80er Jahren grosse Teile der Westsahara. Die dortige Befreiungsfront Polisario genoss nachhaltige Unterstützung mehrerer afrikanischer Staaten, die Mitgliedschaft der Westsahara wurde nicht widerrufen. In der Debatte in Addis Abeba erhoben laut Teilnehmern vor allem Algerien und Südafrika Einwände gegen den Aufnahmebeschluss zugunsten Marokkos.
Tschads Aussenminister Moussa Faki Mahamat wurde bei dem Gipfel zum neuen Chef der AU-Kommission gewählt. Faki setzte sich in insgesamt sieben Wahlrunden gegen seine vier Mitbewerber durch, zuletzt gegen die kenianische Aussenministerin Amina Mohamed.
Der 56-jährige Faki, der 2008 Aussenminister des Tschad wurde, löst die Südafrikanerin Nkosazana Dlamini-Zuma ab. Er ist nun für vier Jahre im Amt.
Die Wahl Fakis wurde als ein Erfolg des tschadischen Präsidenten Idriss Déby Itno angesehen, der nach einem Jahr aus der rotierenden Präsidentschaft der AU ausschied und dieses Amt dem Präsidenten Guineas, Alpha Condé, überliess.
UNO-Generalsekretär Antonio Guterres würdigte als Gast des AU-Gipfels die Bereitschaft vieler afrikanischer Staaten, Flüchtlinge aufzunehmen. Die afrikanischen Staaten gehörten zu den «grosszügigsten Gastgebern von Flüchtlingen», sagte Guterres. «Die afrikanischen Grenzen bleiben offen für Schutzsuchende, während sich zahlreiche Grenzen schliessen, auch in den am höchsten entwickelten Ländern der Welt.»
Guterres implizite Kritik an der Einwanderungspolitik des neuen US-Präsidenten Donald Trump wurde von Dlamini-Zuma zugespitzt. Das Land, in das Afrikaner einst als Sklaven verschleppt worden seien, habe nun beschlossen, «Flüchtlinge aus einigen unserer Länder auszuschliessen», sagte die scheidende AU-Kommissionsvorsitzende.
Trump hatte am Freitag angeordnet, dass Bürger aus sieben mehrheitlich muslimischen Ländern 90 Tage lang keine Visa erhalten dürfen. Unter den sieben Staaten sind mit Libyen, Somalia und dem Sudan drei afrikanische Länder.